Министерству по природопользованию и экологии Республики Карелия переданы функции в сфере экологической экспертизы и охраны окружающей среды от Министерства сельского, рыбного хозяйства и экологии Республики Карелия, а также функции в сфере горнопромышленного комплекса Республики Карелия, в области водных отношений и в сфере регулирования отношений недропользования от Министерства природных ресурсов Республики Карелия.